Arbetet inom samverkansplattformen styrs och organiseras genom en styrgrupp, en samordningsgrupp, en samordningskoordinering och behovsstyrda utskott eller arbetsgrupper.
Samordningen leds av en samordningskoordinator som har ett övergripande ansvar att driva och leda det gemensamma arbetet för att nå satta mål. Samordningskoordinatorn leder arbetet i samordningsgruppen och rapporterar till styrgruppen. Det finns även möjlighet för myndigheterna att tillsätta extra resurser till samordningskoordineringen över tid. Dessa resurser leder och samordnar arbetet i utskott/arbetsgrupper.
Inom samordningskoordineringen administreras Operation Kvinnofrids årliga spridningskonferens, Kvinnofridspriset samt webbförvaltning av denna webbplats.